Povijesno razdoblje Egipta započelo je na prijelazu iz trećeg u četvrto tisućljeće prije Kristova rođenja. Antička kulturna tradicija, pod utjecajem osvajača i unutarnjih prevrata, trajala je do prihvaćanja kršćanstva u četvrtom stoljeću poslije Krista. Gotovo tri i pol tisuće godina popis i funkcije egipatskih bogova doživjeli su značajne promjene. Egipatski bogovi stekli su obilježja i imena karakteristična za njihove susjede - Asirce, Hetiti, Hikse, Helene.
Nakon ujedinjenja Egipta pod vlašću jednog vladara, mnogi bogovi pojedinih regija i plemena zemlje ušli su u zajednički panteon, ali većina ih je bila štovana samo u okruženju u kojem je nastao njihov kult. Neki su bogovi postupno dobili zajedničko egipatsko značenje. Božica Bastet, koja ima mačju glavu, bez sumnje je izrasla iz kulta štovanja mačaka kao čuvara zaliha žitarica od miševa. Poljoprivreda je igrala veliku ulogu u Egiptuulogu, za razliku od npr. Helade, koja se uzdizala uglavnom zahvaljujući trgovini i vojnim osvajanjima. Antropomorfni egipatski bogovi često su bili obdareni glavom životinje, na temelju čijeg štovanja je nastao ovaj ili onaj kult. Na primjer, bog Thoth je imao glavu ibisa, božica Sokhmet (Sekhmet) imala je glavu lava, Anubis je imao glavu psa.
Kako su određena područja zemlje rasla, došlo je do promjene dinastija ili "preseljenja" glavnog grada na novo mjesto, mijenjali su se i egipatski bogovi "prvog ešalona". Zanimljiva značajka drevne egipatske religije bila je prisutnost velikog broja kozmogonijskih mitova (odnosno verzija o nastanku svijeta), a u svakom je lokalitetu glavnu ulogu u ovoj teškoj stvari igralo lokalno božanstvo.
Egipatski bogovi u tako velikom broju, koji su postali osnova za lokalni separatizam, bez sumnje, nisu bili potrebni niti jednoj državi. Osim toga, brojni kultovi zahtijevali su utrošak velike količine materijalnih sredstava, koja su se mogla s mnogo većom koristi utrošiti na unutarnje uređenje zemlje, na izdržavanje vojske i sl. Imajući veliko bogatstvo i utjecaj, svećenički klanovi izravno su ugrozili jedinu vlast faraona.
S obzirom na sve, faraon Amenhotep IV, uzimajući ime Ehnaton, uvodi kult manjeg regionalnog božanstva Atona (pobožanstveni solarni disk) kao uobičajenu egipatsku religiju. Ali inercija tradicije bila je prejaka i Ehnaton umire prije nego što je navršio četrdesetu. Prema najuvjerljivijoj verziji, bio jeotrovana. Istina, progon nije dotakao obitelj, a njegova supruga (slavna Nefertiti) ostala je živa mnogo godina nakon muževe smrti.
Nakon perzijskog, a kasnije i helenskog preuzimanja zemlje, egipatski bogovi i božice postupno počinju gubiti svoj prijašnji utjecaj, padaju u opadanje. Spajaju se s bogovima osvajača. Na primjer, Aleksandar Veliki je bio štovan u Egiptu kao sin Zeusa-Amona, sinkretičkog egipatsko-helenističkog božanstva.
Kada su egipatski bogovi, čija su imena imala lokalno i mješovito podrijetlo, počeli ustupati mjesto novoj religiji - kršćanstvu, postupno je počeo zaborav staroegipatskog pisma. U vrijeme vladavine cara Konstantina umro je posljednji nositelj egipatske vjerske tradicije, nakon čega su kroz mnoga stoljeća imena staroegipatskih bogova bila poznata samo iz spisa grčkih i rimskih povjesničara. Ali obojica su se upoznali s egipatskom kulturom u vrijeme kada je ona već jenjavala i malo je vjerojatno da su svećenici inicirali strance (često agresivne) u tajne svoje religije.
Arapski znanstvenici i Europljani više puta su pokušavali dešifrirati drevne hijeroglife, ali bezuspješno. I tek početkom devetnaestog stoljeća, briljantni lingvist Francois Champollion uspio je pronaći ključ za dešifriranje egipatskih tekstova. Od tog trenutka započela je moderna era proučavanja povijesti i kulture starog Egipta.
